Los órganos rectores de la AVAP son el Presidente o la Presidenta, el Comité de Dirección y el Director General. Además, la AVAP cuenta con un Consejo Asesor formado por expertos nacionales e internacionales de reconocida competencia y prestigio profesional, cuyo nombramiento corresponde al Comité de Dirección, que se encarga de la evaluación del funcionamiento de la propia Agència y de asesorar sobre sus planes de actividades.
Órganos rectores
Presidencia
José Antonio Rovira Jover, Conseller de Educación, Universidades y Empleo.
Sus funciones son:
- Ostentar la superior representación y gobierno de la AVAP, en todas sus relaciones con entidades públicas y privadas.
- Convocar, presidir y moderar las sesiones del Comité de Dirección, dirimiendo, en su caso, los empates con voto de calidad y, en general, en relación con el mencionado órgano, el ejercicio de aquellas funciones genéricas atribuidas a los presidentes de los órganos colegiados en la Ley de Régimen Jurídico del Sector Público.
- Emitir las resoluciones de ejecución de los programas de la AVAP.
- La resolución de las reclamaciones previas a la vía judicial civil o laboral.
El Comité de dirección
El Comité de Dirección es el órgano colegiado de gobierno y de control de la AVAP. Al Comité de Dirección le corresponde, entre otras funciones, definir las directrices generales y líneas de actuación de la AVAP; aprobar el plan anual de actividades de la entidad; aprobar y elevar, al departamento de adscripción, el anteproyecto de presupuesto de la AVAP; aprobar los estados de ejecución del presupuesto, la memoria y las cuentas anuales, así como la plantilla, la organización funcional y el régimen de retribución de todo el personal propio de la entidad, dentro de las limitaciones legales y presupuestarias.
El Comité de Dirección está integrado por:
La presidencia, que será la persona que ostente la presidencia de la AVAP.
- Vicepresidencia: la persona que ostente la secretaría autonómica competente en materia de educación superior.
- Vocales sociales, designados por un periodo de dos años, y compuestos por un representante de las instituciones de educación superior; un representante de los consejos sociales de las universidades públicas valencianas; un representante empresarial o profesional; y tres expertos de reconocido prestigio en materia de educación superior, ciencia, innovación o servicios públicos.
- Vocales de la Generalitat, integrados por la persona que ostente la subsecretaría de la consellería a la que esté adscrita la AVAP; la persona que ostente la secretaría autonómica competente en materia de sector público empresarial; las personas titulares de las direcciones generales, o en su caso el órgano directivo correspondiente, competentes en educación superior, ciencia, innovación empresarial, presupuestos y calidad de los servicios públicos.
- Secretaría: la persona que ostente la dirección general de la AVAP, quien se abstendrá de su derecho a voto en aquellos temas en los que se valore su gestión.
La Comisión ejecutiva
Es un subconjunto del Comité de Dirección.Tiene las funciones que le son atribuidas por el Comité de Dirección, a quien informa regularmente de su actividad. Se reúne a petición del presidente o de la mayoría de sus miembros con la periodicidad necesaria para el buen funcionamiento de la Agència. Además, resuelve los recursos administrativos que resultan procedentes de acuerdo con la legislación general, interpuestos contra las resoluciones y actos jurídicos dictados por el director general en el ejercicio de sus atribuciones, poniendo fin a la vía administrativa.
La Comisión Ejecutiva está constituida por los siguientes miembros del Comité de Dirección:
- La presidencia.
- La vicepresidencia.
- La persona titular de la subsecretaría de la Consellería a la que esté adscrita la AVAP.
- Los titulares de las direcciones generales competentes en educación superior y ciencia.
- La dirección general de la AVAP, que desempeña la secretaría de la comisión.
Dirección General

Javier Oliver Villarroya ocupa la dirección general de la AVAP desde el 16 de septiembre de 2019.
Las atribuciones de la dirección general son, entre otras:
- Asumir la representación ordinaria, administración y gestión de la AVAP.
- Dirigir el funcionamiento general de la AVAP y de su personal, organizando, impulsando, coordinando e inspeccionando sus servicios y dependencias.
- Asumir la dirección técnica y metodológica de las acciones a llevar a cabo por la AVAP.
- Ejecutar los acuerdos del Comité de Dirección.
- Elaborar el plan anual de actividades, el anteproyecto de presupuesto de la AVAP, la memoria, el balance y la cuenta de pérdidas y ganancias.
- Suscribir contratos, acuerdos y convenios en nombre de la AVAP y, en general, todas las facultades en materia de contratación administrativa y de derecho privado.

De la dirección general de la AVAP dependen el Servicio de Calidad de la Educación Superior e Innovación y el Servicio de Gestión, Prospectiva y Servicios Públicos.
- Jefa del Servicio de Calidad de la Educación Superior e Innovación
Reyes Giner Escrihuela.

- Jefatura del Servicio de Gestión, Prospectiva y Servicios Públicos
Sol Rodrigo Giménez