La principal funció de l’AVAP en aquesta matèria és l’avaluació de la investigació, del desenvolupament i de la transferència de tecnologia de programes propis de la Generalitat, d’instituts d’investigació i d’altres activitats d’investigació científica.
Així mateix, l’AVAP, com a agència d’avaluació, podrà establir contactes i propostes de col·laboració amb altres institucions dedicades a l’avaluació de la investigació científica, tant estatals com internacionals. Aquesta col·laboració haurà de servir per a consensuar mecanismes, procediments o criteris, o per a col·laborar en totes aquelles qüestions que permeten millorar el sistema d’avaluació vigent.