La principal funció de l’AVAP en aquesta matèria és l’avaluació de la investigació, del desenvolupament i de la transferència de tecnologia de programes propis de la Generalitat, d’instituts d’investigació i d’altres activitats d’investigació científica.
L’avaluació es duu a terme d’acord amb els criteris i complint els requisits continguts en la convocatòria de la subvenció o ajuda de què es tracte en cada cas.
Totes les sol·licituds són classificades per àmbit de coneixement o macro àrea, per a ser enviades als avaluadors corresponents.
Així mateix, l’AVAP, com a agència d’avaluació, pot establir contactes i propostes de col·laboració amb altres institucions dedicades a l’avaluació de la investigació científica, tant estatals com internacionals.