La principal función de la AVAP en esta materia es la evaluación de la investigación, del desarrollo y de la transferencia de tecnología de programas propios de la Generalitat, de institutos de investigación y de otras actividades de investigación científica.
Asimismo, la AVAP, como agencia de evaluación, podrá establecer contactos y propuestas de colaboración con otras instituciones dedicadas a la evaluación de la investigación científica, tanto estatales como internacionales. Esta colaboración deberá servir para consensuar mecanismos, procedimientos o criterios, o para colaborar en todas aquellas cuestiones que permitan mejorar el sistema de evaluación vigente.