La principal función de la AVAP en esta materia es la evaluación de la investigación, del desarrollo y de la transferencia de tecnología de programas propios de la Generalitat, de institutos de investigación y de otras actividades de investigación científica.
La evaluación se lleva a cabo de acuerdo con los criterios y cumpliendo los requisitos contenidos en la convocatoria de la subvención o ayuda de que se trate en cada caso.
Todas las solicitudes son clasificadas por ámbito de conocimiento o macro área, para ser enviadas a los evaluadores correspondientes.
Asimismo, la AVAP, como agencia de evaluación, puede establecer contactos y propuestas de colaboración con otras instituciones dedicadas a la evaluación de la investigación científica, tanto estatales como internacionales.