El Protocol d’avaluació de les activitats d’assegurament de la qualitat realitzades per l’AVAP estableix que per a la realització d’aquestes activitats, l’AVAP recaptarà l’assessorament de la comunitat científica, acadèmica i professional i per a això es nomenaran les comissions d’avaluació externa de l’AVAP, integrades per personal acadèmic de reconegut prestigi, personal expert en sistemes de garantia de qualitat, gestió universitària o Espai Europeu d’Educació Superior, així com per estudiants universitaris.
El Protocol estableix, així mateix, la composició i funcions de la Comissió de Protocols i Recursos, que serà la responsable d’elaborar un informe a petició del Consell d’Universitats, en cas de reclamació per part de la universitat davant l’informe de renovació de l’acreditació de títols universitaris oficials, o bé en cas d’una reclamació per part de la universitat en el supòsit de verificació de nous títols o seguiment de títols existents.