Els òrgans rectors de l’AVAP són la Presidència, el Comité de Direcció i la Direcció General.
Òrgans rectors
Presidència
José Antonio Rovira Jover, Conseller d’Educació, Cultura, Universitats i Ocupació.
Les seues funcions són:
• Ostentar la superior representació i govern de l’AVAP, en totes les seues relacions amb entitats públiques i privades.
• Convocar, presidir i moderar les sessions del Comité de Direcció, dirimint, si és el cas, els empats amb vot de qualitat i, en general, en relació amb l’esmentat òrgan, l’exercici d’aquelles funcions genèriques atribuïdes a les presidències dels òrgans col·legiats en la Llei 40/2015, d’1 d’octubre, del Règim Jurídic del Sector Públic.
• Emetre les resolucions d’execució dels programes de l’AVAP.
• Qualssevol altres que normativament li puguen ser atribuïdes.
• En general, i de forma àmplia, totes aquelles que procuren el millor desenvolupament dels fins de l’AVAP i que no siguen expressament atribuïdes a cap altre òrgan d’esta.
El Comité de Direcció
El Comité de Direcció és l’òrgan col·legiat de govern i de control de l’AVAP. Al Comité de Direcció li correspon exercir, sense altres limitacions que les establides en la legislació vigent i sense perjuí de les atribucions de la seua presidència, quantes facultats i poders, en general, siguen precisos per al compliment dels seus fins.
Les seues funcions són:
- Definir les directrius generals i línies d’actuació de l’AVAP.
- Aprovar, a proposta de la direcció general de l’AVAP, el pla anual d’activitats de l’entitat.
- Aprovar i elevar, al departament d’adscripció, l’avantprojecte de pressupost de l’AVAP.
- Aprovar els estats d’execució del pressupost, la memòria i els comptes anuals.
- Aprovar la plantilla, l’organització funcional i el règim de retribució de tot el personal propi de l’entitat, dins de les limitacions legals i pressupostàries i sense perjuí de les competències atribuïdes a altres òrgans de la Generalitat.
- L’aprovació de les convocatòries de proves d’admissió per a la selecció del personal propi al servici de l’AVAP.
- Aprovar la proposta del reglament de l’AVAP.
- Informar el nomenament i cessament de la persona que ocupa la direcció general de l’AVAP
El Comité de Direcció està integrat per:
Presidència, que serà la persona que ostente la presidència de l’AVAP.
Vicepresidència: la persona que ostente la secretaria autonòmica competent en matèria d’educació superior.
Vocalies socials: la Presidència d’AVAP, a proposta de la seua direcció general, designarà per un període de tres anys als següents vocals socials:
- Dos representants de les institucions d’educació superior.
- Una persona en representació dels consells socials de les universitats públiques valencianes.
- Un representant empresarial o professional.
- Tres persones expertes en matèria d’educació superior, ciència i innovació.
- Una persona estudiant, triada per la Comissió d’Estudiants.
Vocalies de la Generalitat, integrades per - La persona titular de la sotssecretaria de la Conselleria a la qual estiga adscrita l’AVAP.
- Les persones titulars de les direccions generals, o si és el cas l’òrgan directiu corresponent, competents en educació superior, ciència, pressupostos i sector públic.
Secretaria: la persona que ostente la direcció general de l’AVAP, qui s’abstindrà del seu dret a vot en aquells temes en els quals es valore la seua gestió.
Una persona representant de l’Advocacia General de la Generalitat, que assistirà a les sessions amb veu però sense vot.
La Comissió Permanent
El Comité de Direcció actuarà en ple o en Comissió Permanent. La Comissió Permanent estarà constituïda pels següents membres del Comité de Direcció:
- La persona titular de la Direcció General de l’AVAP, que presidirà la comissió.
- Una persona representant de les universitats valencianes, triada entre ells pels dos membres d’este grup del Comité de Direcció.
- Una persona representant dels consells socials de les universitats públiques valencianes.
- Tres persones expertes en matèria d’educació superior, ciència i innovació.
- Una persona estudiant, triada per la Comissió d’Estudiants.
- Una persona tècnica de l’AVAP, que actuarà com a secretària, amb veu però sense vot.
La Comissió Permanent tindrà les funcions que li siguen atribuïdes pel Comité de Direcció, a qui informarà de la seua activitat. Es reunirà petició de la presidència o de la majoria dels seus membres amb la periodicitat necessària per al bon funcionament de l’Agència. Resoldrà els recursos administratius que resulten procedents d’acord amb la legislació general, interposats contra les resolucions i actes jurídics dictats per la direcció general en l’exercici de les seues atribucions, posant fi a la via administrativa.
Direcció General

Javier Oliver Villarroya ocupa la direcció general de la AVAP des del 16 de setembre de 2019.
Les atribucions de la direcció general són, entre altres:
- Assumir la representació ordinària, administració i gestió de la AVAP.
- Dirigir el funcionament general de la AVAP i del seu personal, organitzant, impulsant, coordinant i inspeccionant els seus serveis i dependències.
- Assumir la direcció tècnica i metodològica de les accions a dur a terme per la *AVAP.
- Executar els acords del Comité de Direcció.
- Elaborar el pla anual d’activitats, l’avantprojecte de pressupost de la *AVAP, la memòria, el balanç i el compte de pèrdues i guanys.
- Subscriure contractes, acords i convenis en nom de la *AVAP i, en general, totes les facultats en matèria de contractació administrativa i de dret privat.

De la direcció general d’AVAP depenen el Servici de Qualitat de l’Educació Superior i el Servici de Gestió Econòmica, Personal i Regulació Normativa.
- Servici de Qualitat de l’Educació Superior
Reyes Giner Escrihuela.

- Servici de Servici de Gestió Econòmica, Personal i Regulació Normativa
Sol Rodrigo Giménez