Els òrgans rectors de l’AVAP són el President o la Presidenta, el Comité de Direcció i el Director General. A més, l’AVAP compta amb un Consell Assessor format per experts nacionals i internacionals de reconeguda competència i prestigi professional, el nomenament del qual correspon al Comité de Direcció, que s’encarrega de l’avaluació de funcionament de la pròpia Agència i d’assessorar sobre els seus plans d’activitats.
Òrgans rectors
Presidència
José Antonio Rovira Jover, Conseller d’Educació, Universitats i Ocupació.
Les seues funcions són:
- Ostentar la superior representació i govern de l’AVAP, en totes les seues relacions amb entitats públiques i privades.
- Convocar, presidir i moderar les sessions del Comité de Direcció, dirimint, en el seu cas, els empats amb vot de qualitat i, en general, en relació amb l’esmentat òrgan, l’exercici d’aquelles funcions genèriques atribuïdes als presidents dels òrgans col·legiats en la Llei de Règim Jurídic del Sector Públic.
- Emetre les resolucions d’execució dels programes de l’AVAP.
La resolució de les reclamacions prèvies a la via judicial civil o laboral.
El Comité de direcció
El Comité de Direcció és el òrgan col·legiat de govern i de control de l’AVAP. Al Comité de Direcció li correspon, entre altres funcions, definir les directrius generals i línies d’actuació de l’AVAP; aprovar el pla anual d’activitats de l’entitat; aprovar i elevar, al departament d’adscripció, l’avantprojecte de pressupost de l’AVAP; aprovar els estats d’execució del pressupost, la memòria i els comptes anuals, així com la plantilla, l’organització funcional i el règim de retribució de tot el personal propi de l’entitat, dins de les limitacions legals i pressupostàries.
El Comité de Direcció està integrat per:
- Presidència, que serà la persona que ostente la presidència de l’AVAP.
- Vicepresidència: la persona que ostente la secretaria autonòmica competent en matèria d’educació superior.
- Vocals socials, designats per un període de dos anys, i compostos per un representant de les institucions d’educació superior; un representant dels consells socials de les universitats públiques valencianes; un representant empresarial o professional; i tres experts de reconegut prestigi en matèria d’educació superior, ciència, innovació o serveis públics.
- Vocals de la Generalitat, integrats per la persona que ostente la sotssecretaria de la conselleria a la qual estiga adscrita l’AVAP; la persona que ostente la secretaria autonòmica competent en matèria de sector públic empresarial; les persones titulars de les direccions generals, o en el seu cas l’òrgan directiu corresponent, competents en educació superior, ciència, innovació empresarial, pressupostos i qualitat dels serveis públics.
- Secretaria: la persona que ostente la direcció general de la *AVAP, qui s’abstindrà del seu dret a vot en aquells temes en els quals es valore la seua gestió.
La Comissió Executiva
És un subconjunt del Comité de Direcció.Té les funcions que li són atribuïdes pel Comité de Direcció, a qui informa regularment de la seua activitat. Es reuneix petició del president o de la majoria dels seus membres amb la periodicitat necessària per al bon funcionament de la *Agència. A més, resol els recursos administratius que resulten procedents d’acord amb la legislació general, interposats contra les resolucions i actes jurídics dictats pel director general en l’exercici de les seues atribucions, posant fi a la via administrativa.
La Comissió Executiva està constituïda pels següents membres del Comité de Direcció:
- La presidència.
- La vicepresidència.
- La persona titular de la sotssecretaria de la Conselleria a la qual estiga adscrita l’AVAP.
- Els titulars de les direccions generals competents en educació superior i ciència.
- La direcció general de l’AVAP, que exerceix la secretaria de la comissió.
Direcció General

Javier Oliver Villarroya ocupa la direcció general de la AVAP des del 16 de setembre de 2019.
Les atribucions de la direcció general són, entre altres:
- Assumir la representació ordinària, administració i gestió de la AVAP.
- Dirigir el funcionament general de la AVAP i del seu personal, organitzant, impulsant, coordinant i inspeccionant els seus serveis i dependències.
- Assumir la direcció tècnica i metodològica de les accions a dur a terme per la *AVAP.
- Executar els acords del Comité de Direcció.
- Elaborar el pla anual d’activitats, l’avantprojecte de pressupost de la *AVAP, la memòria, el balanç i el compte de pèrdues i guanys.
- Subscriure contractes, acords i convenis en nom de la *AVAP i, en general, totes les facultats en matèria de contractació administrativa i de dret privat.

- Cap del Servei de Qualitat de la Educació Superior e Innovació
Reyes Giner Escrihuela.

De la direcció general de l’AVAP depenen el Servicio de Gestió, Prospectiva y Serveis Públics i el Servei de Qualitat de la Educació Superior e Innovació.
- Cap del Servei de Gestió, Prospectiva y Serveis Públics
Sol Rodrigo Giménez