Els òrgans rectors de l’AVAP són el President o la Presidenta, el Comité de Direcció i el Director General. A més, l’AVAP compta amb un Consell Assessor format per experts nacionals i internacionals de reconeguda competència i prestigi professional, el nomenament del qual correspon al Comité de Direcció, que s’encarrega de l’avaluació de funcionament de la pròpia Agència i d’assessorar sobre els seus plans d’activitats.
Òrgans rectors
Presidència
Josefina Bueno Alonso. Consellera d’Innovació, Universitats, Ciència i Societat Digital.
Les seues funcions són:
- Ostentar la superior representació i govern de l’AVAP, en totes les seues relacions amb entitats públiques i privades.
- Convocar, presidir i moderar les sessions del Comité de Direcció, dirimint, en el seu cas, els empats amb vot de qualitat i, en general, en relació amb l’esmentat òrgan, l’exercici d’aquelles funcions genèriques atribuïdes als presidents dels òrgans col·legiats en la Llei de Règim Jurídic del Sector Públic.
- Emetre les resolucions d’execució dels programes de l’AVAP.
La resolució de les reclamacions prèvies a la via judicial civil o laboral.
El Comité de direcció
El Comité de Direcció és el òrgan col·legiat de govern i de control de l’AVAP. Al Comité de Direcció li correspon, entre altres funcions, definir les directrius generals i línies d’actuació de l’AVAP; aprovar el pla anual d’activitats de l’entitat; aprovar i elevar, al departament d’adscripció, l’avantprojecte de pressupost de l’AVAP; aprovar els estats d’execució del pressupost, la memòria i els comptes anuals, així com la plantilla, l’organització funcional i el règim de retribució de tot el personal propi de l’entitat, dins de les limitacions legals i pressupostàries.
El Comité de Direcció està integrat per:
- Presidència, que serà la persona que ostente la presidència de l’AVAP.
- Vicepresidència: la persona que ostente la secretaria autonòmica competent en matèria d’educació superior.
- Vocals socials, designats per un període de dos anys, i compostos per un representant de les institucions d’educació superior; un representant dels consells socials de les universitats públiques valencianes; un representant empresarial o professional; i tres experts de reconegut prestigi en matèria d’educació superior, ciència, innovació o serveis públics.
- Vocals de la Generalitat, integrats per la persona que ostente la sotssecretaria de la conselleria a la qual estiga adscrita l’AVAP; la persona que ostente la secretaria autonòmica competent en matèria de sector públic empresarial; les persones titulars de les direccions generals, o en el seu cas l’òrgan directiu corresponent, competents en educació superior, ciència, innovació empresarial, pressupostos i qualitat dels serveis públics.
- Secretaria: la persona que ostente la direcció general de la *AVAP, qui s’abstindrà del seu dret a vot en aquells temes en els quals es valore la seua gestió.
La Comissió Executiva
És un subconjunt del Comité de Direcció.Té les funcions que li són atribuïdes pel Comité de Direcció, a qui informa regularment de la seua activitat. Es reuneix petició del president o de la majoria dels seus membres amb la periodicitat necessària per al bon funcionament de la *Agència. A més, resol els recursos administratius que resulten procedents d’acord amb la legislació general, interposats contra les resolucions i actes jurídics dictats pel director general en l’exercici de les seues atribucions, posant fi a la via administrativa.
La Comissió Executiva està constituïda pels següents membres del Comité de Direcció:
- La presidència.
- La vicepresidència.
- La persona titular de la sotssecretaria de la Conselleria a la qual estiga adscrita l’AVAP.
- Els titulars de les direccions generals competents en educació superior i ciència.
- La direcció general de l’AVAP, que exerceix la secretaria de la comissió.
Dirección General

Javier Oliver Villarroya ocupa la dirección general de la AVAP desde el 16 de septiembre de 2019.
Las atribuciones de la dirección general son, entre otras:
- Asumir la representación ordinaria, administración y gestión de la AVAP.
- Dirigir el funcionamiento general de la AVAP y de su personal, organizando, impulsando, coordinando e inspeccionando sus servicios y dependencias.
- Asumir la dirección técnica y metodológica de las acciones a llevar a cabo por la AVAP.
- Ejecutar los acuerdos del Comité de Dirección.
- Elaborar el plan anual de actividades, el anteproyecto de presupuesto de la AVAP, la memoria, el balance y la cuenta de pérdidas y ganancias.
- Suscribir contratos, acuerdos y convenios en nombre de la AVAP y, en general, todas las facultades en materia de contratación administrativa y de derecho privado.

De la dirección general de la AVAP dependen el Servicio de Gestión, Prospectiva y Servicios Públicos y el Servicio de Calidad de la Educación Superior e Innovación.
- Jefa del Servicio de Gestión, Prospectiva y Servicios Públicos
Ana María Domínguez Carrascosa

- Jefa del Servicio de Calidad de la Educación Superior e Innovación
Reyes Giner Escrihuela.