Órgano encargado de asesorar al Comité de Dirección y a la Dirección General de la AVAP y de evaluar el funcionamiento de la Agència.
Los miembros del Consejo Asesor son designados por dos años, renovables, y deben reunirse al menos una vez al año. Su composición es la siguiente: una o un presidente experto de reconocido prestigio en evaluación y acreditación de la calidad universitaria, evaluación de programas de I+D+i y/o prospectiva; tres expertos o expertas en evaluación y acreditación de la calidad universitaria, tres expertos o expertas en evaluación de programas de I+D+i, dos expertos o expertas en calidad de los servicios públicos y sus políticas, y una o un representante del personal técnico de la AVAP, que realiza las funciones de secretaría.